Kegiatan Pesantren Days 2009 diselenggarakan oleh Program Studi Falsafah dan Agama pada tanggal 27-28 Februari, dan 1 Maret 2009  dalam rangka mempromosikan Universitas Paramadina pada komunitas pesantren, membangun jaringan kemitraan dengan pesantren, dan menggali informasi tertentu dari pesantren sebagai "penjaga" tradisi keilmuan Islam. Rute pesantren yang dikunjungi yaitu pesantren At Taqwa (Bekasi), Buntet (Cirebon), Maslakul Huda (Pati), Raudlatut Thalibin (Rembang), Pabelan (Magelang), Al Munawwir Krapyak (Yogyakarta), Jakarta-Yogyakarta. Peserta  sebanyak 100 orang terdiri dari dosen, mahasiswa , santri  dan ustadz dari pesantren.  Bentuk kegiatan dari Pesantren Days 2009 yaitu : 1. Sambutan mengenai "Paramadina dan Tradisi Keilmuan Islam (ketua Program Studi Falsafah dan Agama : Suratno, MA), 2. Ceramah agama mengenai profil pesantren (pengasuh pesantren (Ustadz pesantren), 3. Ceramah ilmiah "Pesantren Sebagai Tradisi Keilmuan Islam (perwakilan pesantren), 4. Dialog antara pihak pesantren dan program studi Falsafah dan Agama)